1990年2月26日，桂林港磨盘山客运码头正式动工兴建，一期总投资1132.29万元，整个工程含进港公路3.07千米，6个泊位，码头长360米，停车场10000平方米，候船楼2611平方米，一期工程由广西交通规划勘察设计院设计，桂林市基础设施工程公司三工区负责码头施工，航道工程处负责进港公路施工，该工程于1993年10月15日完工，经单项交工验收，除候船楼外，均属优质工程。1997年码头进行二期扩建工程，增建2个泊位，长100米，增建停车场6000平方米。2002年码头开始进行三期扩建，计划投资198万元，增建泊位3个，三期完工后码头泊位将达11个，总长640米，将有效缓解船舶靠泊拥挤、单缆系船多的问题。 　　

  磨盘山码头建成后，极大改善了漓江旅游环境，促进了漓江和桂林市旅游业发展，码头的园林化建筑成为漓江一道亮丽风景，大大提高了漓江知名度。磨盘山码头投入使用后，避开了桂林至磨盘山段航道浅滩，除个别极枯年份外，游客不用转点到杨堤，节省了转点费用，提高了车船准点率，为漓江四统一管理提供了有力保障。磨盘山客运港作为市交通局投资管理的一部分，在取得巨大社会效益的同时，也取得良好的经济效益，每年为国家创造经济收入数百万元。2000年磨盘山客运码头被交通部定为一级客运港口码头，2002年4月码头作为以交通局为主体的漓江旅游客运管理的一部分，通过北京联合智业认证有限公司ISO9001质量管理体系及中国环境科学研究院环境管理体系认证中心ISO14001环境管理体系、OHSAS18001职业安全健康管理体系三项认证。